医院产生的污水和其他生活用水不一样，携带各类细菌，所以针对医院污水处理工艺设计上必须去除CODcr、BOD5等有机污染物，且采用具有过滤功能的高效好氧处理工艺，比如膜生物反应器、曝气生物滤池等工艺等，这样可以降低悬浮物浓度，有利于后续消毒。
医院污水处理工艺设计工艺选择原则为：
1、传染病医院必须采用二级处理，并需进行预消毒处理。
2、处理出水排入自然水体的县及县以上医院必须采用二级处理。
3、处理出水排入城市下水道（下游设有二级污水处理厂）的综合医院推荐采用二级处理，对采用一级处理工艺的必须加强处理效果。
我们需要根据医院的规模、性质、污水排放去处来进行选择，医院一般分为传染医院和综合医院，扬州蓝天医院属于综合医院，则采用二级处理，如果是经济不发达地区的小型综合医院，则可以选用简易化处理作为过渡处理措施，之后再逐步实现二级处理等。